在部队保留学籍，根据是在校生还是高校新生有所不同，以下是具体流程：
在校生学籍保留流程
- 收到《入伍通知书》。
- 携带《保留入学资格申请表》和《入伍通知书》前往学校相关部门办理。一般是学校的学生处、武装部或学籍管理部门等，具体可咨询学校老师。
高校新生入学资格保留流程
- 个人填写申请表：接到大学录取通知书的应征青年，需及时在网上更改个人学历信息，确认为大学新生。本人持高校录取通知书、身份证（户口簿）、高中毕业证以及一寸照片 2 张，到入伍地县（市、区）人民政府征兵办公室领取并填写《应征入伍普通高等学校录取新生保留入学资格申请表》一式两份。若本人因故不能前往办理，可以委托家人或朋友持上述证明材料及受委托人身份证代为办理。
- 征兵办盖章确认并寄送至学校：征兵办汇总本辖区所有入伍高校新生的《保留入学资格申请表》，加盖公章后，将申请表连同《入伍通知书》复印件寄送至相关高校招生部门。
- 学校确认并保留学籍：高校收到入伍高校新生的《保留入学资格申请表》和《入伍通知书》复印件后，依法依规审核录取资格，办理保留入学资格手续。在中国高等教育学生信息网学生个人信息中标注 “参军入伍”，在《保留入学资格申请表》上加盖公章，并出具《保留入学资格通知书》。《保留入学资格申请表》一份由学校留存备案，一份交征兵办备案；《保留入学资格通知书》交入伍高校新生或委托人保管。
无论是在校生还是高校新生，在服役期间都按国家有关规定保留学籍或入学资格，退役后 2 年内允许复学或入学。