有烟疤通常不影响男生去日本留学。
日本留学签证审核主要关注申请人的健康状况、学历背景、经济能力以及是否有犯罪记录等方面。在健康检查方面，主要检查是否患有传染病等影响公共健康的疾病，烟疤不在检查范围内。
不过，虽然烟疤本身不影响留学申请，但在日本社会，烟疤可能会引起一些误解或偏见。日本文化对身体印记较为敏感，纹身和烟疤都可能被视为不适当的标记，可能会在一些社交场合或打工面试中产生一定影响。例如，在一些服务行业或对形象有较高要求的工作中，雇主可能会对烟疤有所顾虑。
如果烟疤处于比较明显的位置，建议在留学期间尽量加以遮盖，避免引起不必要的麻烦。