日本公费留学主要有日本政府奖学金（MEXT）项目和国家公派留学项目等，以下是其一般申请流程：
日本政府奖学金（MEXT）项目申请
- 确定申请项目：
- 研究留学生（博士课程）：年龄不超过35岁，拥有硕士学位或即将毕业。
- 青年领导者项目：具有大学学历，在行政机关或企业有3至5年的工作经验，由国家留学基金管理委员会推荐。
- 教师研修留学生：年龄不超过35岁，拥有大学或师范类学校学位，在初、中等教育机构或本国师范类学校任教且有5年以上工作经验。
- 日语、日本文化研修留学生：年龄在18至30岁之间，在日本以外的国家就读大学且专业为日语或日本文化。
- 专修学校留学生：年龄在17至22岁之间，完成12年学校教育课程或即将毕业。
- 满足申请条件：通常要具备良好的学术成绩，部分要求大学成绩80分以上或排名在全校前10%以内；具有一定的日语能力，如JLPTN2及以上水平；部分对英语也有要求，需提供托福或雅思成绩。
- 准备申请材料：填写申请表；准备学历证明，如毕业证书、成绩单；语言能力证明，如JLPT证书；2-3封推荐信；个人陈述，阐述留学动机和计划；根据项目要求可能还需其他材料，如工作证明、研究计划书等。
- 提交申请：大使馆推荐途径，按规定时间将材料提交至中国大使馆。日本大学推荐途径，通过所在学校向日本的大学提交，由日本的大学向文部科学省推荐。
- 参加选拔：包括书面审查和面试。大使馆推荐一般在4至6月进行书面审查和面试，青年领导者项目在次年1月至2月面试。
- 等待结果：大使馆推荐的最终结果一般在秋季得知，青年领导者项目在5月由文部科学省通知大使馆选考结果。
国家公派留学项目申请
- 查看合作院校及项目：国家留学基金管理委员会（CSC）会与日本部分高校有合作公派项目，如重庆理工大学与神户大学的公费博士项目。
- 满足院校要求：一般为相关专业应届硕士毕业生等，具体依项目而定。
- 准备材料：通常有申请表、研究计划书、校长或院长推荐信、在读证明和成绩单等。
- 提交校内申请：按学校规定流程和时间，在学校系统提交申请，并将纸质材料交至相关部门。
- 学校选拔推荐：学校组织开展资格审核、选拔推荐，将符合条件的学生材料邮寄至合作日本院校。
- 日方院校选拔：日本院校进行选拔，发送录取通知书，部分含学费免征证明。
- CSC资助申请：获录取后，按CSC规定线上线下同时提出申请。