因疫情原因日本留学是否退款视具体情况而定，以下是不同情况下的分析：
语言学校
- 已入学且学校正常授课：如果语言学校已按原计划正常开展线上或线下授课，通常难以要求全额退款，因为学校已提供了教学服务。不过，若学校的线上教学质量严重不达标，与原本承诺的教学内容和方式相差甚远，可依据合同相关条款，与学校协商部分退款。
- 未入学：若因疫情导致学生无法入境日本而未能入学，部分语言学校会根据自身政策和合同约定来处理退款。有些学校可能会扣除一定的手续费后退还剩余学费；若合同中明确规定因不可抗力因素导致无法入学可全额退款，那么学生有权要求学校全额返还学费。
大学
- 国立大学：在疫情期间，部分国立大学对于因疫情无法按时入学或到校上课的学生，采取了灵活措施。比如对于缴纳了报名费但因旅行限制等原因无法参加考试的学生，退还报名费；对于已入学但因疫情只能线上授课的学生，可能会有一些费用减免政策。
- 私立大学：据《令和2年度（2020年度）奖学金等分科会报告书》显示，因疫情原因而在线上授课退费及减免学费的私立大学仅为4.0%。但一些私立大学对于因疫情造成经济困难的学生，会提供补助金等援助，而非直接退费。
留学中介
- 合同约定明确：若合同中明确规定因疫情等不可抗力因素导致留学计划无法实施，中介应退还相应费用，那么可按照合同执行。比如约定因目的国留学政策变化可全额退款，而日本因疫情实施了限制入境等政策，符合该条款，学生可要求中介全额退款。
- 合同约定不明确：若合同对此没有明确说明，一般会根据中介已提供的服务内容来确定退款金额。如果中介已完成了学校申请等大部分工作，仅因疫情导致签证无法办理，可能会扣除一定的服务费用后退还剩余款项。
考试机构
- 日本留学考试（EJU）：如2020年因疫情取消6月的日本留学考试，日本学生支援机构（JASSO）安排了全数退款。
- 其他考试：像NAT-TEST、J-test等考试，因疫情停考或取消时，一般也会给考生全额退费。