在日本留学回国后办理护照，通常有以下几种情况及对应办理方式：
首次办理护照
- 预约：可通过国家移民管理局政务服务平台或“移民局”APP等渠道，提前预约办理护照的时间和地点。
- 准备材料：
- 年满16周岁，需携带本人户口簿、居民身份证；在居民身份证领取、换领、补领期间，可以提交临时居民身份证和户口簿及复印件。
- 未满16周岁的居民，需携带本人户口簿、其监护人居民身份证原件以及能证明监护关系材料的原件，如户口簿、出生证等，并由其监护人陪同前往办理。
- 登记备案的国家工作人员，还需提交本人所属工作单位或者上级主管单位按照人事管理权限审批后出具的同意出境的证明。
- 部队院校在读无军籍学员须提交所在院校出具的无军籍证明；军人携带军官证、部队《因私事出国（境）人员审查批件》原件，所在部队须在《中国公民因私出国申请审批表》上出具意见并盖章，负责人要亲笔签名确认。
- 符合异地办理条件的非本地户籍居民，还需提供居住地公安机关出具的居住满一年（含）以上的证明等材料。
- 填写申请表：在国家移民管理局官方网站下载《中国公民出入境证件申请表》，或在办理现场领取并填写，确保填写信息准确无误。
- 前往办理地点：按照预约时间，携带准备好的材料前往户籍所在地或符合条件的异地公安局出入境管理大厅办理。
- 现场拍照及采集指纹：一般需在现场拍摄符合护照制作要求的照片，还需采集指纹等生物特征信息。
- 提交申请及审核：将材料和申请表一并提交给工作人员，工作人员会对材料进行审核，如有问题会及时告知补充或修改。
- 缴费：审核通过后，缴纳护照办理费用，首次申请护照费用一般为200元/本。
- 领取护照：缴费完成后会拿到领取护照的回执单，一般普通护照的制作时间为7个工作日左右，如选择邮寄服务，护照制作完成后会按照填写的收件地址进行邮寄；也可在回执标明的取证日期，携带回执和有效身份证件前往指定地点领取。
护照遗失补发
- 确认是否已挂失：如果护照是在回国途中或回国后发现丢失，首先要确认是否已经向相关部门挂失。若在国外丢失，应第一时间向中国驻当地使领馆挂失；若在国内丢失，要向当地公安机关报案挂失。
- 准备材料：
- 本人身份证、户口簿等身份证明材料。
- 能够证明本人身份及出境事由的相关材料，如国外的身份证、居留证、注册的学生证、就职证明等（如有）。
- 近期免冠照片，具体规格根据出入境管理部门要求。
- 填写《中华人民共和国护照/旅行证/海员证/回国证明申请表》。
- 在国外遗失护照的相关证明材料，如使领馆出具的挂失证明等（如有）。
- 申请补办：携带上述材料到户籍所在地的公安局出入境管理部门申请补办。
- 审核与缴费：工作人员审核材料，审核通过后缴纳补发护照的费用，丢失补发护照一般为400元/本。
- 领取护照：等待审核和制作完成，领取新护照，领取方式与首次办理类似，可选择邮寄或自行前往领取。
护照换发
- 准备材料：本人身份证、户口簿、原护照、符合标准的照片以及其他可能需要的证明材料。
- 申请换发：向户籍所在地或符合条件的异地出入境管理部门提出申请，填写申请表并提交材料。
- 审核与缴费：工作人员审核材料，审核通过后缴纳换发护照的费用，一般为200元/本。
- 领取新护照：按照通知的时间和方式领取新护照。