以下是一些可以查询日本留学进度的网站：
申请学校阶段
- 所申请学校的官网：大多数日本学校会在其官网的招生板块公布申请进度查询入口或相关说明。比如东京大学，会在入学案内页面提供出愿、选考等各环节的时间节点和结果查询方式；京都大学会在其大学院或学部的招生信息页面，告知申请人如何查询申请材料审核进度等。
- 日本の学校：网址为https://school.js88.com/，号称日本规模最大的学校情报网站，有600多所日本大学院的情报信息，可根据区域、专业、偏差值等检索相应的大学，各学校招生宣传手册、出愿等情报应有尽有。
- ナレッジステーション：网址为https://www.gakkou.net/，是日本大学的查找网站，按照学部、大学院、地区、入试特征等进行查找，介绍比较全面，排版清晰，很多介绍贴附学校链接，可以一键跳转。
申请在留资格阶段
- 日本入国管理局网站：各地入国管理局都有自己的官网，如东京入国管理局官网等，上面会有关于在留资格申请的一般流程、审核时间等信息，但通常不会提供具体申请人的进度查询。不过可以通过阅读相关政策和说明，了解大致的审核进度范围。
- 日本留学综合信息查询—JASSO日本学生支援机构：网址为https://www.jasso.go.jp/index.html，该网站可查询与留学相关的综合信息，虽然不能直接查询在留资格申请进度，但可以获取到入国手续等相关的政策解读、常见问题解答等，帮助你了解整个流程。
申请签证阶段
- 日本驻华使领馆官网：日本驻华大使馆以及各领事馆的官网会公布签证申请的流程、所需材料等信息。部分使领馆可能提供签证进度查询的指引，比如通过输入申请编号等方式在指定系统中查询。例如日本驻华大使馆官网会说明签证申请受理时间等内容，让申请人对进度有大致的了解。
- 签证申请中心官网：如果你是通过签证申请中心递交的签证申请，相应的签证申请中心官网可能提供进度查询服务。比如VFSGlobal日本签证申请中心官网，申请人可以通过输入相关申请信息来查询签证是否已经受理、是否已经返还等进度情况。