留学中介通常没有权力直接拒绝签证，签证的审批是由各国使领馆或移民局等官方机构负责。但如果从以下角度理解“拒绝签证”，则有不同情况的合法性分析：
基于合同约定提供服务角度
- 合法情况：如果留学中介与客户签订的合同中明确规定了某些情况下中介有权停止服务，比如客户未能按照中介要求提供真实、完整的签证申请材料，或者客户严重违反合同约定的其他条款，导致中介无法正常履行签证申请协助义务，中介基于合同约定暂停或终止相关服务，这在一定程度上是合法的。例如合同约定客户需在规定时间内提供资金证明等材料，客户未提供，中介可依约停止服务。
- 不合法情况：若中介没有合理合法的依据，随意以各种不合理借口拒绝继续为客户办理签证相关事宜，违反了合同约定，这种行为就是不合法的。比如中介以人员变动、业务繁忙等自身原因拒绝履行合同，就属于违约行为。
基于合规操作和职业道德角度
- 合法情况：如果中介发现客户有提供虚假材料等欺诈行为，或者客户的留学目的不真实、存在移民倾向等可能导致签证被拒的高风险情况，中介从合规和避免不良后果的角度出发，拒绝为其办理签证申请，这是合理合法的。因为中介有责任避免参与任何可能导致违法或不良后果的行为。如中介发现客户试图伪造学历证书来申请签证，中介拒绝协助是正确的做法。
- 不合法情况：如果中介因为客户的种族、性别、国籍等非合理因素，或者为了谋取不正当利益，如为了推荐其他高价服务而故意拒绝为客户办理签证，这是不合法且违反职业道德的。比如中介以客户是某个特定地区的人为由，拒绝为其办理签证，或者为了让客户购买其他不必要的服务而故意拖延或拒绝办理签证。
总之，留学中介自身并无权决定签证是否通过，也不能随意拒绝为客户办理签证相关事宜，其行为必须在合同约定、法律法规以及职业道德的框架内进行。