日本留学个人档案的查询方法如下：
- 确定档案可能的存放地点：
- 留学前的学校：如果在留学期间没有接触或转移过档案，档案可能仍在原学校。可以咨询学校的档案管理部门或老师，了解档案是否还在学校，若已转移，也可通过传递记录了解去向。
- 户籍所在地人才中心：若长时间未回学校处理档案转移问题，档案通常会被送回户籍所在地的人才中心。你可以前往当地人才中心，通过查询系统或咨询工作人员来查找档案。
- 留学生服务中心：毕业出国或自费出国的学生档案，学校可能会转移到留学生服务中心保管。可以登录教育部留学服务中心的网站，在相关业务板块查询档案存档情况，也可拨打咨询电话010-62677800进行询问。
- 工作单位：如果留学回国后有工作，且就职于具备人事档案管理权限的单位（如机关、国有企事业单位等），档案可能存放在单位的人事管理部门，可向单位人事部门咨询。
- 选择合适的查询方式：
- 在线查询：部分档案保管机构提供在线查询服务。例如，登录教育部留学服务中心网上服务大厅（https://zwfw.cscse.edu.cn/），在“留学存档”板块根据提示进行操作查询档案状态。一些地方的人才中心也有自己的网上办事大厅或APP，可通过注册登录进行档案查询，如江苏省人力资源和社会保障厅网上办事大厅（https://rs.jshrss.jiangsu.gov.cn/index/）或“江苏智慧人社”APP。
- 现场查询：可携带个人身份证件，如身份证、护照等，前往档案可能存放的机构进行现场查询。到留学前的学校需找档案管理部门；到户籍所在地人才中心，在服务窗口向工作人员说明情况并提出查询申请；到留学生服务中心，则按其规定的办事流程进行查询。
- 书面查询：若无法亲自前往查询，可通过书面申请的方式查询档案。向可能存放档案的机构邮寄申请材料，包括个人身份证明、留学相关证明材料以及查询申请等，说明查询档案的原因和个人信息，请求机构协助查询并告知结果。
如果通过以上方法仍无法查询到档案，可能是档案丢失或未被妥善托管，建议及时联系相关学校、机构或档案服务机构，了解补办档案的流程和要求，尽快补办。